Los microorganismos eucariotas

Todos los microorganismos eucariotas tienen núcleo, poseen orgánulos y se incluyen dentro del dominio Eucarya. Las algas y los protozoos pertenecen a los protoctistas, mientras que los hongos microscópicos pertenecen a los hongos.
Los grupos de algas y de hongos, aunque poseen muchas especies macroscópicas, contienen también representantes dentro del mundo microbiano, algunos de ellos con un papel fundamental en el ciclo de los ecosistemas terrestres y acuáticos. En el grupo de los protozoos todos los individuos son microscópicos.